De constitution naturelle fragile voire maladive, c'est dès l'enfance que ses parents lui firent étudier le Karaté pour surmonter ses handicaps. A l'école primaire, sa santé s'améliore notablement et il décide de s'investir dans l'art pour atteindre une véritable maîtrise. Il devint ami d'un élève de sa classe, fils de Yasutsune Azato, un des plus grand expert de Karaté d'Okinawa.

La pratique journalière du Karaté le dispensa toute sa vie d'avoir recours aux médecins. A propos de médecine, une anecdote raconte que la naissance du Sensei est inscrite en 1870 dans les registres officiels. Le Sensei avoue dans sa biographie avoir falsifié les registres pour obtenir l'autorisation de se présenter au concours d'entrée de l'école de médecine de Tôkyô. Malheureusement, à cette époque, deux courants s'opposaient à chaque nouvelle réforme, le Ganko-tô et le Kaika-tô. La famille du Sensei, attachée depuis plusieurs générations à la petite noblesse sur Okinawa soutenait le Ganko-tô, le parti des "obstinés". Ce parti refusait l'élimination du chignon, coiffure masculine ancienne, symbole de virilité et de maturité. L'école de médecine refusait d'intégrer les élèves qui continuaient à suivre les meures anciennes, le destin du Sensei fut ainsi scellé. Mettant fin à ses ambitions médicales, il décida de passer les examens de maître d'école et devint dès l'âge de 21 ans assistant dans une école primaire. Il enseignait donc le jour et s'entraînait la nuit chez Azato.

A cette époque, le gouvernement avait proscrit la pratique du Karaté et les entraînements devaient avoir lieu en secret. Sensei Funakoshi fit ensuite la connaissance de Maître Itosu, un aristocrate d'Okinawa et ami d'Azato. Gichin Funakoshi apprenait sous leur double tutelle les aspects spirituels et techniques du Karaté. En 1902 il fit une démonstration devant les responsables de la province de Kagoshima. En 1912, le Shôbukai d'Okinawa le choisit pour effectuer une démonstration à la marine Japonaise. Il fut remarqué par l'amiral de la flotte impériale. Sensei alla au Japon pour la première fois en 1917 pour faire une démonstration au Butokuden de Kyoto. Il y retourne cinq ans plus tard pour une deuxième démonstration devant le ministre de l'Education Nationale Japonaise. Jigoro Kano le fondateur du Judo, lui demanda de faire une autre démonstration au Kodokan. Le succès fut immédiat et les demandes de cours affluaient. Sensei ne retourna jamais à Okinawa.

A cette époque, en 1921 le maître Choku Motobu, également ancien élève de Itosu, enseignant déjà cet art au Japon. Funakoshi enseigna d'abord au Meisojuku, une pension pour étudiants dans un dojo de 40m2. Plus tard il partagea le dojo de Hakudo Naka-yama, un maître de Kendo. En 1936, Sensei ouvrit son propre dojo (le Shotokan) dans le quartier de Meijiro. C'est à cette époque que les katas furent révisés dans la forme. Les anciens noms chinois disparurent pour des noms japonais. De même le nom karaté changea de signification, il passe de "main chinoise" à "main vide" en référence à la notation de "vide" du Zen. Gichin Funakoshi a transmis seulement quinze kata à ses élèves. Les autres katas furent enseignés par d'autres maîtres d'Okinawa, amis du Sensei venus au Japon pour organiser des séminaires.

En 1949, Funakoshi est nommé chef instructeur de la Japan Karaté Association (J.K.A) par Isao Obata, un des disciples de Maître Funakoshi. Gichin Funakoshi décéda le 26 avril 1957 dix ans après sa femme qui n'a d'ailleurs jamais quitté Okinawa. Deux mois plus tard, Maître Masatoshi Nakayama organisera les premiers All Japan Karaté Championships (Championnats du Japon). Le vainqueur fut un homme qui par la suite deviendra une référence dans le Karaté Shotokan: Hirokazu Kanazawa.

Selon ses étudiants, Maître Funakoshi était un homme très intelligent et une personne très attachante. Maître Funakoshi présenta premièrement son art comme une technique guerrière, puis par la suite comme une méthode qui permet d'atteindre la vérité philosophique. La simple technique est devenue "voie", ce qui permet à l'individu de mieux vivre. Le karaté est une porte sur l'intérieur. L'aspect spirituel du karaté permet à l'élève d'atteindre un état mental supérieur. Maître Funakoshi enseignait des techniques, mais aussi une philosophie, un mode de vie.