Op 26 augustus 1615 legden de Aartshertogen Albrecht en Isabella de eerste steen van deze éénbeukige kerk. De kerk maakte deel uit van een kloostercomplex van de Zusters Annonciaden, dat zich uitstrekte van aan de kerk, tot aan de Rodestraat. De architect was de bekende Wenschel Coeberger.
In 1713, tijdens de Oostenrijkse bezetting, verbood Keizer Jozef II de kloosterorden zonder sociaal doel. Aangezien de Zusters Annonciaden toen zo’n bid en bedelorde waren, moesten ze het klooster verlaten. Het complex kwam dan leeg te staan. De Sacristij werd een stal voor officierspaarden, en in 1786 werd de kerk zelfs een paardestal.
Na de Franse bezetting, in 1798, wordt het kloostercomplex openbaar verkocht. Kerk en annex-gebouwen vinden nochtans geen koper, zodat ze weer militair domein worden. Nu geen paardestal meer, maar een militaire bakkerij. Zoals te verwachten slaan de vlammen hierbij over naar de kerk, waarvan dak en toren instortten.
Na de nederlaag van Napoleon in 1815, worden de Nederlanden terug herenigd. De Protestanten worden terug vrij om hun geloof te belijden. Dank zij Willem I wordt de kerk aan de Protestanten geschonken, en na de verbouwingen wordt op 1 juli 1821 de gerenoveerde kerk ingewijd door Dominee C.P. Winckel.
Begin 1900 gebeurt een nieuwe restauratie van de kerk. De buitenlijnen van het kerkgebouw worden steeds origineel gehouden, de bovenkant bestaat ook nog steeds uit de oorspronkelijke rode Balegemsteen. De zijgevels zijn nog grotendeels uit bakstenen gemaakt, met zogenaamde witstenen speklagen. In plaats van de toren werd een achtkantig klokkenhuis opgericht (zie foto hiernaast). In 1822 werd daarin de grootste luidklok van de Citadelkerk van het verdwenen Zuidkasteel opgehangen. Ze weegt 160 kg, en heeft de toonhoogte van sol. De klok zelf dateert uit 1616 en werd in Saksen gemaakt.
Bij decreet van 3 maart 1976 werd deze Protestantse kerk als historisch monument geklasseerd. Als beschermd monument werd dit gebouw reeds verschillende malen opgenomen in het officieel programma van “Open monumentendag”, waarbij telkens op massale belangstelling mocht gerekend worden.
