Op 17 juni 1863 werd de S.A. Compagnie du Chemin de Fer d'Ostende à Armentières opgericht. Het traject van de spoorweg zou over Gistel, Eernegem en Wijnendale naar Torhout lopen. Het Eernegemse gemeentebestuur kon verkrijgen dat het station niet nabij de Halve Barriere kwam, maar wel een heel stuk dichter bij het dorpscentrum. In 1868 werd de nieuwe spoorweg in Eernegem ingehuldigd met een groots muziekfeest. Bij die gelegenheid werd ook een postkantoor in Eernegem geopend.

De spoorweg betekende voor de gemeente een zegen. De 'koophandel' kreeg er een nieuwe impuls door. In 1885 moest men de laad- en losruimtes vergroten wegens de drukke goederentrafiek. Rond de eeuwwisseling richtte de familie Roelens nabij het Station een olieslagerij op, terwijl in 1925 de conservenfabriek Alibel er een basis vond. Maar ook veel Eernegemse arbeiders, voornamelijk kasseileggers en seizoenarbeiders, konden dank zij de aanwezigheid van de trein vlot hun werk in den vreemde bereiken.

Tijdens de Tweede Wereldoorlog nam de bezetter één van de twee sporen weg. In 1961 werd na jarenlange palavers de treinverbinding Oostende-Torhout afgeschaft en vervangen door een buslijn. Tien jaar later werd het vervallen stationsgebouw door de gemeente aangekocht en afgebroken. Vandaag vind je er een ruim parkeerplaats, die aansluit bij de Stationsput. De put, die in 1887 werd gegraven en werd uitgebreid in de jaren '20 van de 20ste eeuw, is nu een stil recreatie-oord, met in de omgeving een gedichtenbos en een klein natuurdomein.