In 1962 werd het oude bisdom Antwerpen herverdeeld en de decanaten geherstructureerd. Het doel was dat in stadsparochies maximum 10.000 inwoners zouden wonen.

Op 5 september 1968 werd door Mgr. Raes, de vicaris van Mgr. Daem aan E.H. Jan Bourguignon de opdracht gegeven uit te kijken naar een plaats voor een nieuwe kapel.

In afwachting van een geschikte locatie mocht gebruik gemaakt worden van de eetzaal van het Koninklijk Instituut in de Jonghelinckxstraat.

De eerste eucharistieviering ging door op 28 / 29 november 1969.

Het huidige kerkgebouw werd van garage omgevormd tot bidplaats. De plechtige inzegening door monseigneur Eykens vond plaats op 1 mei 1971 en de heer Jan Bourguignon werd op 15 juni officieel benoemd tot kapelaan van de kerkelijke kapelanie Sint- Jan-de-Doper.

Op 1 mei 1976 werd hij vervolgens aangesteld tot eerste pastoor van de parochie
Sint- Jan-de-Doper.

Hij bleef toegewijd pastoor tot op 21 april 1999, dag van zijn plotseling overlijden.