L'excédent des boues est traité dans des stations d'épuration ou de décomposition des boues.
Des saprophytes (micro-organismes vivants sur un hôte sans provoquer sur celui-ci d'effet nuisible) y transforment en conditions anaérobies (sans oxygène) des substances polluantes organiques en H2S, CO2 et en produits intermédiaires (alcool ou acides organiques), ensuite décomposés en méthane (CH4) par des bactéries méthanogènes (qui vivent du méthane).
Les gaz de décomposition servent de combustibles et sont envoyés vers un gazomètre.
Pour décomposer les résidus organiques, on ajoute des étangs d'amélioration ou d'épuration pour poursuivre la décomposition biologique. Ce sont des retenues d'eau plates hypertrophes (oxygénées) dans lesquelles se déroulent toutes les étapes de la chaîne alimentaire grâce à la présence d'algues photosynthétiques (produisant de l'oxygène à partir de la lumière solaire), de crustacés et de poissons...
Les boues extraites des décanteurs primaires de la station d'épuration de l'eau sont stockées dans des épaississeurs circulaires. L'épaississeur a un rôle de bassin tampon et assure le tassement des boues dont l'évacuation se fait par le fond après raclage, tandis que le liquide surnageant est renvoyé en tête de station.
Pour empêcher les fermentations, les épaississeurs sont pourvus d'un agitateur et de la chaux est ajoutée.
A la sortie des épaississeurs, les boues subissent un conditionnement par ajout de produits (chlorure ferrique puis chaux) dans une cuve de mélange. Elles sont ensuite stockées dans un bassin tampon d'où elles sont pompées pour être déshydratées mécaniquement par filtre-presses (grands ressorts géant comprimant les boues pour faire sortir l'eau)
Le filtrat est renvoyé en tête de station, tandis que les boues déshydratées sont rejetées par bande transporteuse dans une fosse.
Un grappin puise les boues déshydratées dans la fosse et les amène via une trémie par pompage à la partie supérieure du four d'incinération en même temps que les huiles, graisses et flottants.
Ce four, en forme de cylindre vertical, comporte une série d'étages superposés séparés par des plateaux en matériaux réfractaires (ne brûlant qu'à très hautes températures) appelés soles.
Les soles sont alimentées par les boues pour les unes à la partie centrale, pour les autres à la périphérie grâce à des bras de raclage fixés sur un arbre central en lente rotation.
Les produits circulent ainsi de sole en sole et du haut vers le bas alors que les gaz circulent à contre courant
Sur les soles supérieures, la matière est séchée par l'action des gaz provenant des soles inférieures. Dans la partie centrale, les matières organiques sont partiellement volatilisées pour produire un gaz combustible, la combustion s'opérant dans les étages inférieurs.
Au bas du four, les cendres sont évacuées par une ouverture périphérique pratiquée dans la dernière sole et, après passage dans une vis refroidisseuse, stockées dans un silo en attendant leur évacuation vers un container.
Tous les gaz provenant du four passent dans une chambre de post-combustion pour permettre une combustion totale . Ils traversent ensuite un échangeur de chaleur afin de céder une partie de leur énergie à l'air qui a servi au refroidissement de l'arbre et des bras racleurs du four et qui va maintenant être injecté dans le four pour atteindre, en régime, l'incinération des boues sans apport extérieur de calories.
Enfin, ils sont dépoussiérés dans une installation de lavage humide avant d'être rejetés dans l'atmosphère. Les eaux de lavages des gaz sont, quant-à-elles renvoyées en tête de station.