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@t home vous propose des liens vers quelques logiciels d'intérêt général (et gratuits) qui faciliteront la tâche des chimistes. Votre browser vous permet-il de visualiser les fichiers mol et pdb ? Testez-le en Cliquant ici.  

Une liste étendue de logiciels gratuits Free Chemistry Software (Eng.acc.10/2003) (classement alphabétique)
Un article (daté 06/2003) compare les principaux logiciels (ChemSketch, ChemDraw, DrawIt, ISIS Draw, ...) de dessin moléculaire

IsisDraw
chime
modèles Word
modèles Word

Les messages ou fichiers MIME (pour Multipurpose Internet Mail Extensions) permettent d'afficher autre chose que du texte (images, son, video,...). Lorsque votre ordinateur reçoit un fichier de ce type, il le décode et l'affiche (ex: images GIF ou JPG) ou encore ouvre un viewer adapté comme Acrobat Reader (á condition que votre navigateur ait été configuré valablement).
Les viewers sont généralement gratuits et peuvent être téléchargés. Pour la chimie, j'ai surtout rencontré les fichiers PDB, PDF et RPL. Actuellement on commence á trouver des fichiers VRML pour la visualisation 3D des molécules.
Pour en savoir plus sur les fichiers MIME : MIME types for Chemistry (Eng. acc.10/2003)
chime icon     ISIS-DRAW ( fichiers .skc ) et le plug-in CHIME ( fichiers.pdb )
  • Description : CHIME et ISIS-DRAW sont en téléchargement libre (usage académique, login nécessaire) chez www.mdli.com (Eng.acc.10/2003). ISIS DRAW est un éditeur de molécules en 2D. Il est livré avec une série de "templates" (sucres, acides aminés, cycles, flèches, ...). Peut être utilisé avec Word. CHIME est un plug-in ou add-on, c'est à dire un petit module qui se greffe sur le navigateur et permet de visualiser les fichiers au format pdb , mol et quelques autres (visualisation de structures moléculaires en 2D ou 3D, nombreuses options telles que la rotation, ...).
  • Installation : L'installation de Isis-Draw est "classique" (inscription obligatoire) et ne pose pas de problème par contre le plugin CHIME et MSIE posent de réels problèmes de compatibilité (je n'ai pas testé toutes les versions .... mais les problèmes sont fréquents
    • Pour Win2000 et XP : apparemment MDL ne supporte plus Win98 :-( ... Le fichier disponible est compatible Win2000 et WinXP.
    • Pour les utilisateurs de Win98 (encore nombreux) : comme Chime et MSIE ne font vraiment pas bon ménage ... Une solution qui marche (je l'ai testée au 01/2004 avec les pages exo 3D de ce site) :
      1. installer le plugin Chime pour MSIE
      2. installer Mozilla 1.5
      3. rechercher le fichier npchime.dll présent dans program files/internet explorer/plugins
      4. et le copier dans program files/mozilla org/mozilla/plugins
      5. redémarrer Mozilla et ça devrait marcher et, pourquoi pas, faire de Mozilla son browser par défaut
      6. PS : si vous aviez des difficultés à avoir ce fichier faites le moi savoir ...
  • Chime et OPERA : il est possible d'utiliser ce plugin avec OPERA. L'installation n'est cependant pas automatique. Il faut
    • renommer temporairement le fichier opera.exe (situé dans "C:\Program Files\Opera") en netscape.exe (CHIME ne reconnaît que MSIE et Netscape comme browser). Cette technique peut être utilisée comme alternative à celle vue ci-dessus pour Mozilla.
    • lancer l'installation de CHIME. Lorsque l'assistant le propose ne pas choisir la recherche automatique du browser mais "Specify the location of a web browser" puis bouton "next"
    • spécifier ensuite le répertoire "C:\Program Files\Opera". Le plugin sera ainsi installé.
    • après installation, ne pas oublier de renommer opera.exe
    • finalement, lancer OPERA. Aller dans le menu "préférences">"type de fichier">"chemical/x-pdb" cliquer sur "éditer" et vérifier qu'à ce type MIME les extensions mol et pdb sont bien associées (sinon taper "mol,pdf" dans la fenêtre extension) et que l'utilisation du plugin est sélectionnée (voir copies d'écran)
  •   Add-In : Il est possible d'ajouter de nouvelles fonctionnalités à Isis-Draw en passant par Options>Add-In Manager. ACD-Labs offre ainsi un add-in intéressant (déjà disponible pour le concurrent ChemSketch) : l'attribution automatique de nom à un composé. Cet add-in doit être téléchargé sur ACD Name for Isis (Eng.acc.10/2003).
  • Pour aller plus loin, deux sites présentant des applications de Chime : une profusion d'adresses sur World Index of BioMolecular Visualization Resources (Eng. acc. 10/2003) et aussi ce site de l'Université du Massachussets (Eng. acc.10/2003) propose une série de ressources, d'exemples d'utilisation on-line ou off-line de CHIME (ADN, structure des protéines, ...)
chemsketchCHEMSKETCH ( fichiers .skc )
  • Description : CHEMSKETCH est un logiciel gratuit (usage académique) éditeur de formules moléculaires de la même famille que IsisDraw. A remarquer une série de templates reprenant la verrerie de laboratoire et un module de visualisation 3D performant.
  • Installation : Il suffit de télécharger gratuitement (Eng.acc.08/2004) le logiciel sur le site de ACDLABS . L'installation est simple.
  • Remarques : Sur le site ACD-Lab est également disposible un add-in pour ChemSketch : ACD-Name Freeware permet d'attribuer un nom aux composés (à lire : ACD\Name : Logiciel de génération du nom des composés organiques selon la nomenclature IUPAC (Fr.acc.08/2004).
  • Egalement disponible sur le même site, ChemBasic est un langage de programmation proche du basic qui permet de créer des applications personnalisées.
  • Apprendre ChemSketch c'est facile ... suivez notre présentation qui nous a valu un award (avril 2002) décerné par ACD-Lab et est référencée (08/2004) par le site ACD .
rasmol iconLe logiciel RASMOL et les fichiers.pdb
  • Description : Le logiciel RASMOL est un logiciel type freeware. Une molécule est codée dans un fichier texte au format.pdb ( Protein Data Bank ) reprenant, entre autres, la nature des atomes et les liaisons. RASMOL interprête les fichiers.pdb : Il permet la visualisation 3D ( "wireframe", "spacefill", "balls and sticks", etc... ) de molécules qu'il est possible de faire tourner á volonté.
  • Comment l'obtenir : La dernière version peut être téléchargée sur le site RASMOL (Eng.acc.10/2003).
  • Et son installation : Le logiciel fonctionne en "indépendant" ou comme add-on de votre browser préféré (Il doit alors être renseigné au niveau des options "Type de fichiers").
  • RASMOL est livré avec le programme ISIS-DRAW.
  • Les fichiers.pdb : De nombreuses banques de données offrent des fichiers .pdb pour un grand nombre de molécules simples ( les alcanes ), plus compliquées ( comparaison graphite, diamant et fullerène ) , jusqu'au biomolécules ( protéines, ADN,...). Il existe aussi des scripts permettant d'automatiser l'exécution d'un fichier.pdb.On peut les trouver sur des sites comme
  • RASMOL tourne aussi sous Linux. Un exemple d'application : étude des enzymes (Fr.acc.11/2003) en SVT (distribution Debian-Edu)
CS Chem3D 3.5 : création de fichier 3D (.mol , .pdb , .alc , ...) ,

  • Ce logiciel permet de créer ses propres fichiers .mol ou .pdb.
    • dans une première étape vous construisez la molécule
    • vous optimisez sa géométrie (clean-up structure et minimize energy)
    • vous sauvez le fichier au format .pdb ou .mol (et encore d'autres formats ...) et dès lors ce composé pourra être manipulé avec Rasmol, Chime sur le web ou en interne
    • Rem : L'opération d'optimisation de la géométrie peut très vite s'avérer complexe.

  • Le logiciel CS Chem3D 3.5 est disponible en version download gratuite (attention 8,7Mo) chez ChemStore (code free0130 . ce code est variable et était actif en février 2001).
modeles wordModèles WORD ( fichiers .dot ) : verrerie de labo et montages électriques
  • Description : Rapide, aisé, complet ... que demander de plus. Voici ce qu'en dit l'auteur (et il a raison) "SchemSciences1.dot (version 1.0 18/11/2003) est un modèle de Word permettant de dessiner des schémas en électricité, mécanique et chimie.
    Il s'agit d'une bibliothèque de 130 dessins vectoriels réalisés sous Word, et donc particulièrement légers (en ko) et précis à l'impression. Le tout est organisé en menus, un dessin s'obtient en 2 clics, un schéma électrique se construit en 2 minutes."
    En ouvrant un nouveau document Word (utilisant ce modèle) vous disposez d'une nouvelle barre d'outils avec les différents schémas vectoriels (légers et modifiables en taille sans perte de qualité) de chimie et physique. le montage d'un dispositif est aisé et, cerise sur le gateau, vous pouvez aussi modifier la couleur, l'orientation, ajouter des étiquettes ... Bravo et merci Mr. Cosinus.
  • Installation : Il suffit d'aller sur le site du professeur Cosinus, de cliquer (barre menu à gauche) sur logiciels et modèles ... et de télécharger le fichier ChemSciences.dot. Pour l'installation, suivez les conseils du professeur Cosinus.
modeles wordModèles WORD ( fichiers .dot ) : verrerie de labo et montages électriques
  • Description : Deux fichiers réalisés par des professeurs du lycée Charles de Gaulle de Vannes (Robert PARISSE et Christian FONTAINE). Ces deux fichiers sont directement accessibles sous Word (barre d'outils) et permettent par copier/coller la création de montages de labo et électrique.
  • Installation : Il suffit de télécharger gratuitement verrerie.zip (104 ko) et electric.zip (15 ko) de copier les fichiers .dot dans le répertoire modèles de Word (lire la doc inclue).
modeles wordModèles WORD ( fichiers .dot ) : différents modèles utiles : ayez toujours sous la main les pictogrammes de sécurité, les ions, les fonctions organiques usuelles ...
  • Description : Sur le site de l'académie de Versailles (Fr.acc.10/2003), sont disponibles quelques modèles Word assez utiles. En effet, un clic et vous pouvez introduire dans vos documents un pictogramme de sécurité (inflammable, comburant, ...), ou un ion comme Cr2O72- ...
    L'installation est simple ...
    • repérez le répertoire dans lequel sont stockés les modèles MS-Word (pour cela faire OUTILS>OPTIONS>REPERTOIRES PAR DEFAUT)
    • téléchargez les modèles et "dézippez-les" dans ce répertoire
    • allez dans OUTILS>MODELES ET COMPLEMENTS, cliquez sur AJOUTER. Sélectionnez les nouveaux modèles.
    • et c'est fini ... les nouvelles options sont maintenant disponibles dans la barre de menu
pdf icon Le logiciel ACROBAT et les fichiers.pdf
La société ADOBE est á la base du format.pdf. Des documents mis en page avec Pagemaker ou Acrobat sont sauvegardés au format.pdf. Ils peuvent être électroniquement distribués sur le Web. La mise en page est conservée.
Il n'est pas nécessaire de disposer des logiciels créateurs pour consulter ou imprimer ces documents. Il est possible de télécharger un add-on Acrobat Viewer gratuit sur le site d' ADOBE .
De multiples éditeurs mettent sur le Web des documents au format Acrobat. Ainsi le site de Global Schoolhouse met á la disposition des enseignants en sciences une série de dossiers ou cours sur des sujets variés en chimie, biologie ou physique : Des manipulations aisées á réaliser, des informations utiles, le dossier du professeur et le dossier de l'étudiant. Superbe .... mais en anglais.
Le logiciel REPLICAT et les fichiers.rpl
Un autre logiciel d'édition électronique. Très peu répandu.
accueil@t home, ressources scientifiques ( 08/2004 )

Contact : bruno.haas@honet.be